A Lost Planet 3 játékosai visszatérnek azokhoz a szélsőséges és kiszámíthatatlan körülményekhez, amelyek a Lost Planet sorozatot jellemezték. A játékosok az Utility Rig pilótáját, Jim Peytont veszik át, aki elhagyja a Földet, hogy veszélyes, de jövedelmező szerződést kössön az E.D.N. III.
